Traducerea Omics în Microbiologie alimentară

Revizuirea anuală a științei și tehnologiei alimentelor

traducerea

Vol. 8: 113-134 (Data publicării volumului februarie 2017)
Publicat pentru prima dată online ca o revizuire în avans, la 11 ianuarie 2017
https://doi.org/10.1146/annurev-food-030216-025729

Aaron M. Walsh, 1,2,3 Fiona Crispie, 1 Marcus J. Claesson, 2,3 și Paul D. Cotter 1,2

1 Teagasc Food Research Center, Moorepark, Fermoy, Cork, Irlanda; email: [email protected]

2 APC Microbiome Institute, University College Cork, Cork, Irlanda

3 Școala de microbiologie, University College Cork, Cork, Irlanda

Abstract

Această revizuire examinează aplicațiile tehnologiilor omice în microbiologia alimentelor, cu un accent primordial pe tehnologiile de secvențiere de mare viteză (HTS). Discutăm diferitele abordări de secvențiere aplicabile studiului izolatelor microbiene legate de alimente și comunităților microbiene mixte din alimente și oferim o imagine de ansamblu asupra platformelor de secvențiere adecvate fiecărei abordări. Subliniem potențialul pentru genomică, metagenomică și metatranscriptomică pentru a ghida eforturile de optimizare a fermentațiilor alimentare. În plus, explorăm utilizarea genomicii comparative și funcționale pentru a ne înțelege mai bine mecanismele de acțiune probiotică și descriem aplicabilitatea HTS ca măsură de siguranță alimentară. În cele din urmă, luăm în considerare utilizarea HTS pentru a investiga efectele pe care microbii ingerați le au asupra microbiotei intestinului uman.